Por fitodepuración (phyto=planta, depurare=limpiar, purificar) se entiende la reducción o eliminación de contaminantes de las aguas residuales, por medio de una serie de complejos procesos biológicos y fisicoquímicos en los que participan las plantas del propio ecosistema acuático. La fitodepuración ocurre naturalmente en los ecosistemas que reciben aguas contaminadas y, junto a la denominada autodepuración de las aguas, ha sido el procedimiento clásico de recuperación de la calidad del agua. Este proceso puede tener lugar tanto en humedales naturales como en humedales artificiales creados a tal propósito.

Desde un punto de vista estricto, el concepto de fitodepuración puede aplicarse cuando existe la intervención de cualquier tipo de organismo fotosintético, ya sean plantas superiores (macrofitas) como algas macroscópicas o microscópicas. Sin embargo, el concepto más generalizado del término fitodepuración lleva implícito la intervención de macrofitas. Actualmente la línea de investigación sobre fitodepuración se refiere a la depuración de aguas contaminadas mediante la utilización de plantas superiores (macrofitas) en humedales o sistemas acuáticos, ya sean naturales o artificiales.